Marvel Studios foi anteriormente comandada por Avi Arad de 13 de maio de 1993 (como Diretor e Executivo-Chefe) até outubro de 1998, quando assumiu outras funções dentro da empresa como produtor executivo dos filmes do estúdio.
Em parceria com Lionsgate Entertainment em 2004, Marvel planeja entrar no mercado de filmes direto para DVD com oito animações distribuídas pela Lionsgate.
Marvel entrou em um acordo de financiamento com Merrill Lynch Commercial Finance Corp. que é a colaterização de certos direitos de filmagem de 10 personagens da grande coleção da Marvel. Marvel ganha $525 mihões para fazer no máximo 10 filmes baseados nas propriedades da empreda em oito anos, de acordo com os parâmetros do acordo com a Paramount em setembro de 2004. Essas propriedades eram: Homem-Formiga, Os Vingadores, Pantera Negra, Capitão América, Manto & Adaga, Doutor Estranho, Gavião Arqueiro, Quarteto Futuro e Shang-Chi.
Em 2005, Michael Helfant se juntou ao estúdio como Presidente e Chefe de Operações. Em novembro de 2005, Marvel ganhou os direitos de filmagem de Homem de Ferro da New Line Cinema. Em 2006, Marvel revelou que havia ganhado os direitos de O Incrível Hulk. Em abril de 2006, Paramount Pictures adquiriu os direitos de Thor da Sony. Naquele ano o filme foi anunciado como uma produção da Marvel Studios. Lions Gate Entertainment subsequentemente abandonou o projeto da Viúva Negra que possuíam desde 2004, devolvendo os direitos para a Marvel.
Em março de 2007, David Maisel foi nomeado Diretor e Kevin Feige foi nomeado Presidente de Produção quando Homem de Ferro começou a ser filmado. Em 2008, Marvel Studios assinou um contrato com Raleigh Studios para abrigar seus escritórios e filmar os próximos quatro filmes do cronograma do estúdio, incluindo Homem de Ferro 2 e Thor, nas instalações de Manhattan Beach.
Em 2009, Marvel tentou contratar um time de escritores para ajudar a criar maneiras criativas para lançar suas propriedades menos conhecidas, como Pantera Negra, Cable, Punho de Ferro, Falcão Noturno e Visão.
Em 31 de dezembro de 2009, The Walt Disney Company comprou a Marvel Entertainment por $4 bilhões. Tanto Marvel quanto Disney declararam que a união não afetaria contratos pré-existentes com outros estúdios no momento, embora Disney tenha dito que considerariam distribuir futuros projetos da Marvel por seus próprios estúdios uma vez que os contratos atuais expirassem. Em 18 de outubro de 2010, Disney compro os direitos de distribuição de Os Vingadores e Homem de Ferro 3 da Paramount Pictures.
Em junho de 2010, Marvel criou uma divisão de televisão comandada por Jeph Loeb como Vice-Presidente Executivo.
Começando com Thor: O Mundo Sombrio, o logo da Marvel Studios sofreu uma repaginação e ganhou sua própria música do compositor Brian Tyler. De acordo com Kevin Feige, isto serviu para simbolizar Marvel como sua própria entidade dentro da Walt Disney Company já que Thor: O Mundo Sombrio seria o primeiro filme com o logo da empresa sem nenhum outro.
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